La Fraternità è organizzata nel seguente modo: assistita da un religioso francescano con il ruolo di Assistente, secondo i principi disciplinati dagli Statuti presenti, si esprime con l'ausilio di un Ministro, di un Vice-Ministro, di Consiglieri, di un Segretario, di un Economo e di Formatori (Maestro e Vice-Maestro dei novizi).

Per quei membri della Fraternità che, con l'assenso dell'Assistente spirituale, secondo il loro stato di vita (celibe, nubile, vedovo/a, coniugi) desiderano lasciare tutto per aderire radicalmente al Vangelo vissuto nel carisma della pace nella riconciliazione, è prevista l'assunzione dei consigli evangelici mediante voti privati da emettere nelle mani dell'Assistete spirituale, attraverso formule da lui stesso proposte. Essi daranno vita alla missione della Fraternità nei Centri di spiritualità e di accoglienza legati al progetto "Soltanto pace", secondo la forma di vita (o regolamento) definita dall'Assistente spirituale generale e approvato dall'Autorità ecclesiastica competente